Nasiona drzew i krzewów leśnych przechowuje się w szczelnie zamkniętych pojemnikach, w temperaturze -10°C. Pojemniki chronią przed dostępem wilgoci oraz hamują wymianę gazową z otoczeniem. W celu długoletniego przechowywania nasiona poddaje się podsuszaniu, co redukuje zawartość wody i obniża aktywność metaboliczną. Warunki przechowywania mają zapewnić nasionom utrzymanie ich wartości siewnej na niezmienionym poziomie przez jak najdłuższy czas. Przechowywanie nasion w Banku Genów ma znaczenie strategiczne dla zapobiegania ubożenia puli genetycznej zbiorowisk leśnych, służy zachowaniu szczególnie zagrożonych populacji drzew i krzewów leśnych oraz najbardziej wartościowych populacji i osobników.  

Nasiona dzielimy na dwie kategorie:

• nasiona znoszące podsuszenie lub nawet całkowite odwodnienie kategoria „orthodox". Nasiona tej kategorii mogą być przechowywane w warunkach niskich temperatur 30 lat i więcej;
• nasiona o dużej zawartości wody, których nie można odwadniać, lub które znoszą odwodnienie tylko  częściowo – kategoria „recalcitrant".

W zależności od przeznaczenia materiał genetyczny w LBG Kostrzyca jest przechowywany:

krótkookresowo– przechowywane depozyty nasion nadleśnictw w celu zachowania ciągłości produkcji szkółkarskiej. Stosowane dla gatunków takich jak: buk zwyczajny (Fagus sylvatica L.), jodła pospolita (Abies alba Mill.).

długookresowo– przechowywanie nasion poszczególnych gatunków, w takiej ilości, by po zmianie niekorzystnych warunków lokalnych można było wprowadzić je ponownie na opuszczone siedlisko. Stosowane dla gatunków cechujących się dużą tolerancją: sosna zwyczajna (Pinus sylvestris L.), świerk pospolity (Picea abies (L.) H.Karst).