W celu usystematyzowania elementów roślinności Arboretum, wyróżnia się w nim trzy części (szczegółowy opis roślinności zawarto w projekcie zagospodarowania):

1. Część zachowawcza - archiwa klonów oraz tematyczne kolekcje zagrożonych oraz chronionych roślin.

• Archiwum klonów cisa pospolitego - materiał pochodzący ze 125 pomników przyrody z Dolnego Śląska, 34 drzew zachowawczych z rezerwatu przyrody „Cisowa Góra” oraz 26 osobników z innych regionów Polski.
• Archiwum klonów jarzęba brekinii - materiał pochodzący z 78 drzew z najcenniejszych stanowisk w Polsce.
• Archiwum klonów sosny zwyczajnej - materiał pochodzący z 57 drzew zachowawczych z Puszczy Augustowskiej.
• Kolekcja zagrożonych oraz chronionych roślin górskich Karkonoszy.

2. Część leśna - kolekcje roślin.

• Kolekcja rodzaju jodła.
• Kolekcja rodzaju sosna.
• Kolekcja rodzaju świerk.
• Kolekcja rodzaju dąb.
• Kolekcja rodzaju brzoza.
• Kolekcja rodzaju jarząb.
• Kolekcja rodzaju klon.
• Kolekcja rodzaju lipa.
• Kolekcja rodzaju jałowiec.
• Kolekcja rodzaju lilak.
• Kolekcja rodzaju magnolia.
• Kolekcja rodzaju żywotnik.
• Kolekcja roślin wrzosowatych.
• Kolekcja roślin miododajnych.
• Kolekcja starych odmian jabłoni.

3. Cześć botaniczna - pojedyncze okazy rzadko spotykanych gatunków i odmian roślin, reprezentujących różne strefy klimatyczne oraz siedliska.

Istotnym elementem użytkowym Arboretum LBG Kostrzyca jest złoże korzeniowe wierzby wiciowej, które pełni funkcję naturalnej oczyszczalni ścieków. Metoda oczyszczania oparta jest tu na tlenowym i beztlenowym rozkładzie ścieków przez mikroorganizmy.